Для учета сумм налога на добавленную стоимость налогоплательщики ведут книги покупок и книги продаж. Лица, осуществляющие посредническую деятельность, ведут журналы учета счетов-фактур. В книге продаж регистрируются счета-фактуры по мере возникновения обязанности уплатить НДС. В книге покупок регистрируются счета-фактуры по мере возникновения права на налоговый вычет.
Формы книг и журнала, а также порядок их ведения закреплены в постановлении Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. Согласно постановлению, книги и журналы можно вести как в электронном, так и в бумажном виде. При этом единой регистрации подлежат все счета-фактуры: первичные, исправленные, корректировочные, составленные как на бумажном носителе, так и в электронном виде.